Oddelenie zdravotníctva prostredníctvom na to určených zamestnancov vykonáva najmä tieto činnosti:
- vydáva a ruší povolenia na prevádzku zdravotníckych zariadení,
- rozhoduje o zmene miesta prevádzkovania zdravotníckeho zariadenia, jeho odborného zamerania, zmene odborného zástupcu a vykonáva iné neformálne zmeny,
- rozhoduje o dočasnom pozastavení povolenia,
- rieši zabezpečovanie zastupovania,
- určuje poskytovateľa, u ktorého je zdravotnícky pracovník povinný podrobiť sa opakovanému posúdeniu zdravotnej spôsobilosti,
- rozhoduje o určení poskytovateľa pacientovi, v prípade odmietnutia návrhu na uzatvorenie dohody o poskytovaní zdravotnej starostlivosti poskytovateľom,
- vykonáva dozor a kontrolu u poskytovateľov zdravotnej a lekárenskej starostlivosti,
- nahliada do zdravotnej dokumentácie,
- zbavuje mlčanlivosti zdravotníckych pracovníkov,
- ukladá pokuty v správnom konaní,
- schvaľuje ordinačné hodiny poskytovateľov zdravotnej starostlivosti,
- schvaľuje prevádzkový čas poskytovateľov lekárenskej starostlivosti,
- určuje rozsah zdravotných obvodov,
- určuje rozpis ambulantných pohotovostných služieb a lekárenských pohotovostných služieb, ktorý je zverejnený na webe v sekciách „Zdravotná starostlivosť“ a „Lekárenská starostlivosť“,
- vedie register povolení,
- eviduje cenníky a zoznamy zdravotných výkonov,
- eviduje a zverejňuje neprítomnosti na ambulanciách,
- preberá zdravotnú dokumentáciu poskytovateľov zdravotnej starostlivosti do úschovy pri ukončení činnosti,
- odovzdáva zdravotnú dokumentáciu poskytovateľom zdravotnej starostlivosti,
- zabezpečuje činnosť Etickej komisie Košického samosprávneho kraja,
- vypracúva návrhy smerovania priorít regionálnej zdravotnej politiky,
- spolupracuje s MZSR a organizáciami pôsobiacimi na úseku zdravotníctva.